Programmi
di bioinformatica
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Stringsearch
E’
un programma che serve per cercare stringhe di nomi in banche dati, in
generale per default la banca dati che viene utilizzata è Gen
EMBLE, da quest’ultima si accede poi a
delle sottobanche grazie a delle specifiche estensioni:
gb_sy:* (sottobanca per i
plasmidi), gb_ba:*
(per i batteri),
gb_ph:* (per i
fagi), gb_ro:*
(per i roditori),
gb_hum:*
(per l’uomo). Una volta richieste le informazioni su un argomento
l’output che si ottiene presenta un’estensione tipica…nomestringa.strings,
utilizzando il comando more è possibile ottenere il nomefile od una
sequenza di nomifile della stringa cercata. Con stringsearch è anche
possibile effettuare la conversione dall’operatore buleano and
all’operatore or mediante il comando
stringsearch
–check e subito dopo con stringsearch
–match =or
Fetch
E’ un programma per copiare
i file ( ottenuti grazie all’utilizzo di stringsearch) immettendoli così
nella propria directory. Per default il file verrà copiato direttamente
nella directory in cui mi trovo.
Map
E’ un programma che serve per
mappare i siti di taglio degli enzimi di restrizione nella sequenza
desiderata. Lanciato il programma map è possibile ottenere tutti gli
enzimi che tagliano una determinata sequenza nonché le sequenze che
questi riconoscono per effettuare il taglio, i comandi utilizzati per
ottenere questo sono rispettivamente ?
e ?? che
vanno inseriti nel momento in cui il programma ci chiede a quali enzimi
siamo interessati. E’ possibile anche ottenere solo la mappa dei siti di
taglio di specifici enzimi, in questo caso basterà scrivere il loro nome
una volta lanciato il programma e la sequenza da mappare. Grazie a questo
programma è possibile discriminare tra una serie di opzioni utilizzando il comando map –check,
alcuni es delle opzioni possibili sono:
map –once
che mi permette di ottenere una lista degli enzimi che tagliano una sola
volta, map -mincuts =2 che
mi permette di ottenere la lista degli enzimi che tagliano almeno 2 volte,
map –maxcuts =2 che
mi permette di ottenere la lista degli enzimi che tagliano al massimo due
volte, etc. Tra le varie funzioni di map c’è anche quella di poter
effettuare delle traduzioni da acido nucleico a proteina (un po’ come
traslate), inoltre si può vedere anche dove comincia e dove finisce un
open reading frames.
Reformat
E’ un programma che
serve a rendere qualsiasi file di sequenze nel giusto formato per essere
letto dai programmi GCG
Bestfit
E’ un programma che serve
per trovare il migliore allineamento tra due sequenze. Date le 2 sequenze
il programma darà in output
il miglior allineamento ed il valore dell’allineamento (quest’ultimo
mostrerà le % di identità, similarità e qualità ed inoltre tiene conto
delle gap penalty, che sono dei valori per residui aggiunti o deleti,
e delle gap extension penalty, che sono
dei valori che si riferiscono all’aggiunta o alla delezione dei
residui successivi.
Translate
E’
un programma che serve per tradurre le sequenze nucleotidiche in sequenze
aminoacidiche.
Pine
E’ un programma che ci
permette di accedere alla posta elettronica.
Gen help
E’ un programma che ci
permette di ottenere informazioni sugli altri programmi ma soltanto quando
si è di fuori dai programmi stessi.
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