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Benvenuti nella bioinformatica
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mi chiamo Danilo e sono qui per darvi le prime rudimentali lezioni per
ciò che concerne la bioinformatica. Cominciamo subito con il dire che al
giorno d'oggi è essenziale avere (per lo meno per un biologo) una certa
dimestichezza con alcuni programmi i quali volgono alla risoluzione di
eventuali problemi che potrebbero capitare all'interno di un laboratorio.
La bioinformatica nasce come una nuova disciplina tanto che questo termine
nell'ambiente universitario ha diversi pseudonimi e solo adesso si sta
comprendendo come poterla sfruttare al meglio (non a caso dal prossimo
anno sarà un corso obbligatorio per gli studenti di biologia). Per poter
utilizzare al meglio i programmi che vi presenterò è indispensabile
avere qualche nozione di unix quindi nella prossima pagina troverete una
lista di alcuni comandi in modo che così potrete esercitarvi, da parte
mia vi consiglio di prendere un piccolo manuale (si trovano anche su
internet) in modo da ampliare così le poche nozioni che vi darò. Per
poter utilizzare lo unix è necessario che vi colleghiate ad un server e
se siete studenti o ricercatori basterà utilizzare quello
dell'università a patto che abbiate uno username ed una password (vi
verranno sicuramente concessi al momento della vostra richiesta).
Possiamo allora cominciare, una volta collegati
al server (dall'università è meglio così non spendete una lira)
esercitatevi un pochino a creare delle directory e dei file ed a
cancellarli e rinominarli (vi tornerà utile al momento dell'utilizzo dei
programmi) . Lo scopo finale di questo corso è proprio quello di
comprendere come funzionino i singoli programmi in modo tale da risolvere
alcune problematiche e di arrivare ad utilizzare dei programmi per la
ricerca di proteine in banche dati mediante modelli di omologia (magari
proteine scoperte e sequenziate da voi di cui vogliate conoscere la
struttura e la funzione quando questo è possibile). Un'altra cosa che
serve è conoscere discretamente la lingua inglese in quanto vi
permetterà di sfruttare al meglio le potenzialità di un programma.
Tutte le esercitazioni che farete con i programmi gcg non hanno banche dati aggiornate e quindi non sono buone per le ricerche ma soltanto per esercitarsi, mentre quelle che vi indicherò per internet lo sono ed anche aggiornatissime!!! Il server dell'università di torvergata ( Roma, seconda università) è identificabile o con axdid.mat.uniroma2.it o con 160.80.10.12 , per lanciare tutti i programmi che vi descriverò basterà nominarli....imparatevi i primi comandi dello unix, i programmi (a cosa servono e come funzionano) e buon lavoro!!!!!
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