UNIX
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ls
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Mostra
il contenuto di una directory |
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ls –l
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come
sopra+protezioni,data,etct.
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ls –a
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file
invisibili
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ls -la
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file
invisibili+protez.,date,etc.
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more nomefile
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mostra
il contenuto di un file
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pico nomefile
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crea
e modifica file
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mv file1 file1
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rinomina
file
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mv../*nomefile .
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per
spostare file da una directory a quella inferiore
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cp file1 file2
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copia
file
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rm nomefile
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cancella
file
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pwd
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mostra
la directory in cui si lavora
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cd nomedir
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cambia
la directory di lavoro (bisogna trovarsi in quella superiore)
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cd
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torna
alla directory principale
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cd ..
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torna
alla directory superiore
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cd ../
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risale
di una directory
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mkdir nomedir
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crea
una directory
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rmdir nomedir
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cancella
una directory (deve essere vuota e lo si può fare solo dalla sup.)
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who
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dà
la lista degli utenti collegati
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whoami
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ritorna
lo username dell’utente
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ps
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informa
sui programmi che stiamo utilizzando
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ps –ef
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informa
sui programmi del sistema
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du -k
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permette
di controllare lo spazio disponibile su disco
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ctrlC
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interrompe
l’esecuzione di un comando o di un programma
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exit
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chiude
la sessione
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stringsearch
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programma
che permette di accedere ai vari database
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gb_sy:*
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nome
della sottobanca della genbank contenente le seq.dei plasmidi
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gb_ro:*
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sottobanca
per i roditori
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gb_ph:*
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sottobanca
per i fagi
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fetch
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per
prendere la sequenza desiderata
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map
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programma
per le mappe di restrizioni e per le traduzioni di sequenze
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map -check
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lista
opzioni del programma
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map -once
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lista
degli enzimi che tagliano una sola volta
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map –mincuts=2
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enzimi
che tagliano almeno due volte
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map –maxcuts=2
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enzimi
che tagliano al massimo due volte
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?
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per
vedere quali enzimi sono a disposizione(solo nomi)
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??
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enzimi
con le sequenze che tagliano
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reformat
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per
riformattare il programma
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bestfit
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programma
per allineare le sequenze
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translate
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serve
per la traduzione
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