Programmi di bionformatica 4Profilesearch
E’ un programma che
utilizza un profilo (generato con profilemake) per fare ricerche in banche
dati in modo da poter ottenere proteine simili a quelle del profilo. Nel
caso delle esercitazioni svolte in classe il file utilizzato in cui è
rappresentato il profilo ha un’estensione del tipo nomefile.prf mentre
la banca dati che abbiamo utilizzato è una molto piccola che ci è stata
fornita dalla professoressa. Una cosa molto importante è che per
utilizzare la banca dati da noi creata il nomefile (della banca dati )
deve essere preceduto dal simbolo @.
L’output che otteniamo è del tipo nomefile.pfs. Profilesegment
Questo programma è
in grado di generale gli allineamenti dopo che abbiamo effettuato la
ricerca in banca dati descritta nel punto precedente, naturalmente in
input viene dato nomefile.pfs . In output si ottiene nomefile.pairs. Profilescan
E’ un programma che
ci permette di utilizzare dei profili che sono già stati preparati e di
lanciarli contro una sequenza o contro un allineamento di sequenze, in un
certo senso opera il percorso inverso di quello effettuato con
profilesearch ma il risultato che si ottiene è lo stesso. Ricerche in banche dati via internet E’ possibile effettuare delle riceche in banche dati grazie all’utilizzo di diversi siti e fare così diverse cose a seconda dello scopo che abbiamo. Se vogliamo trovare la sequenza di una proteina ci collegheremo al sito http://www.expasy.ch/ dove troveremo le banche dati di swissprot e trEMBLE e faremo full text search per cercare la sequenza della proteina x. Un altro sito molto importante è http://www.ncbi.nml.nih.gov/blast/psiblast.cgi serve per cercare similarità di sequenza tra una sequenza data ed un gruppo di sequenze in banche dati (es PDB), la sequenza della proteina deve essere in formato fasta e per fare ciò possiamo tranquillamente convertire la sequenza di questa su axdid grazie al programma tofasta, dopodiché è possibile ottenere un profilo facendo fare due corse di cui la prima è tipo fasta e la seconda è tipo profilesearch e profilemake insieme. Per avviare il primo ciclo si clicca su submit, per avviare il secondo ciclo si clicca su run y blast. Da questo sito è possibile anche fare delle ricerche in medline oppure queste si possono fare dal sito di tor vergata. Il sito http://www.rcsb.org serve per trovare le strutture delle proteine in modo che poi possano essere visualizzate mediante un programma di grafica molecolare del tipo ras-mol, pdbv etc. Una volta che si è collegati al sito si fa searchlite dove avremo scritto nell’apposito riquadro il nome della proteina, si ottiene così un output con la lista delle proteine e la loro risoluzione dopodiché si può scaricare la proteina e visualizzarla con uno dei programmi di grafica molecolare sopracitati.Per costruire un modello di omologia con proteine a struttura nota è possibile collegarsi ad http://www.expasy.ch , scendere in swiss model dare la sequenza proteica della proteina di cui vogliamo trovare l'omologia, quest'ultima verrà cercata con proteine della banca dati pdb dove sono i file hssp (inerenti agli allineamenti multipli tra una prot di pdb e le proteine con omologia >30% di pir o swissprot ) e dssp (contengono informazioni sulla struttura secondaria di una prot.), al momento della richiesta si dovrà inserire il proprio indirizzo di posta elettronica in modo da ricevere le coordinate che potranno essere utilizzate con un programma di grafica molecolare, al fine di vedere la struttura della proteina che abbia il grado di omologia più alto. In alternativa c’è il Threading che permette di lanciare la sequenza di una proteina a struttura non nota contro delle proteine a struttura nota, in questo caso si verificheranno degli appaiamenti (se possibili) a zone specifiche della proteina a struttura nota (ad es. a livello di alfa eliche o foglietti beta e così via) in modo da poter ipotizzare un'eventuale struttura, ma in ogni caso questo è solo un modo empirico ma che potrebbe tornare utile. |
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